PROTEİN MUCİZESİ

CANSIZ ATOMLARI PROTEİNLERE DÖNÜŞTÜREN KUSURSUZ TASARIM

Bilindiği gibi, bütün canlılar hücrelerden oluşur. Örneğin insan vücudunu oluşturan yaklaşık 100 trilyon hücre vardır. Her hücre ise, aralıksız olarak, canlının hayatı boyunca ihtiyaç duyacağı şeyleri üretir. Canlıların hücrelerini yüksek teknoloji ile donatılmış birer fabrika olarak kabul edersek, bu kitabın konusu olan proteinler de bu fabrikanın makinaları, duvarları, tavanı, merdivenleri, kapıları ve hatta vidalarıdır. Kısacası proteinler, hücrelerin hem inşaat malzemesini hem de çok karmaşık makinelerini oluştururlar. Birbirinden farklı birçok görevi üstlenen proteinler bu nedenle canlılığın yapıtaşları olarak kabul edilirler.

Örneğin saç, tırnak ve tüylerde bulunan sert yapıyı oluşturan keratin isimli madde bir proteindir. Bazı proteinler, kasları kemiğe bağlayan tendonlarda bulunan dayanıklı naylon benzeri bir maddeyi oluştururlar. Derinin pürüzsüz elastikiyetini ve kemiklerin dayanıklılığını sağlayan ise kolajen isimli bir başka proteindir. Atardamarları çevreleyen kauçuk benzeri elastik maddeyi oluşturan da yine başka bir proteindir. Retinaya ışık çarptığında görme etkisini başlatan ise rodopsin isimli proteindir. Bu arada başka proteinler de gözün lensini oluşturan saydam maddeyi yaparlar. Hücrelerin içine moleküllerin giriş çıkışında yine özel taşıyıcı proteinler görev yapar. Tüm canlılığın bilgisini taşıyan DNA molekülü proteinler olmadan kopyalanamaz ve bilgi üretemez, hücre bölünmesini sağlayamaz. Yani proteinler canlılardaki en küçük yaşam birimi olan hücrelerin hem yapılarında hem de sayısız işlevlerinde çok çeşitli görevler alırlar. Diğer bazı proteinler de hücredeki kimyasal reaksiyonların hızını milyarlarca kez artırmak için katalizör görevi görürler. Takımlar halinde çalışarak, hücrenin tüm kimyasal parçalarını inşa ederler. İnşa etme özelliklerinin yanısıra, parçalama özellikleri de bulunmaktadır. Bu özelliklerini kullanarak hücrelerde bulunan büyük molekülleri, hücrenin kullanabileceği basit bileşiklere ayırırlar. Hücreye enerji sağlanması için gereken reaksiyonların oluşmasını sağlarlar. Kaslardaki kasılma hareketi için gereken unsurları oluşturanlar da yine kas hücrelerindeki özel proteinlerdir.

Yukarıda sayılanlar, binlerce protein çeşidinden sadece birkaç tanesine ait özelliklerdir. Siz bu satırları okurken dahi vücudunuzdaki her protein çeşidi yaşamınızı sağlıklı bir şekilde sürdürebilmeniz için aralıksız olarak faaliyet göstermeye devam etmektedir. Baktığınız satırları okuyabilmenizden yemeğinizi yiyebilmenize, vücudunuzun gelişiminden hastalıklara karşı dirençli olmanıza kadar birçok ihtiyacınız hücrelerinizde durmadan çalışan proteinler sayesinde giderilmektedir. Sadece insan vücudunda değil, bitkilerden tüm hayvan türlerine, en basit bakteriye kadar, tüm canlıların yaşamsal faaliyetlerinin tamamı proteinler üzerine kuruludur.

		Yanda kemiklerin dayanıklılığını sağlayan kolajen proteininin ve saçlarda bulunan keratin proteininin yapısı görülmektedir.
		Yanda kolajen lifinin açılımı yer almaktadır.

Kitap boyunca da üzerinde durulacağı gibi, belirli sayıda atomun birleşmesinden meydana gelmiş bu mucize moleküller, birbirleriyle kusursuz bir uyum içinde, çok büyük bir akıl ve şuur göstererek, inanılmaz sorumlulukları yerine getirirler. Bundan sonra anlatılacak her konuda, akıl ve vicdan sahibi her insanın kendisine sorması gereken önemli bir soru vardır: Cansız atomların birleşmesinden meydana gelen şuursuz, bilgi ve beceriden yoksun olması beklenen protein molekülleri nasıl olup da inanılmaz bir akıl, organizasyon yeteneği ve sorumluluk hissi göstererek tüm bu faaliyetleri gerçekleştirebilmektedir? Samimi düşünen her insan, cevabın, sonsuz bir güç ve ilim sahibi olan Allah'ın kusursuz yaratışı olduğunu görecek, en küçüğünden en büyüğüne kadar evrendeki tüm varlıkların Allah'ın kontrolü ve emri altında olduğunu kavrayacaktır. Allah'ın tüm varlıkların hakimi olduğu bir ayette şöyle haber verilir:

Ben gerçekten, benim de Rabbim, sizin de Rabbiniz olan Allah'a tevekkül ettim. O'nun, alnından yakalayıp-denetlemediği hiçbir canlı yoktur. Muhakkak benim Rabbim, dosdoğru bir yol üzerinedir (dosdoğru yolda olanı korumaktadır.) (Hud Suresi, 56)

ŞUURSUZ ATOMLARIN İNŞA ETTİĞİ YETENEKLİ PROTEİNLER

Arka sayfada gördüğünüz şekil, sitokrom-c isimli bir proteinin atom yapısını göstermektedir. Milimetrenin milyonda beşi kadar küçük olan bu protein yaklaşık 1000 atomun birleşmesinden meydana gelmektedir. Resimde de görüldüğü gibi, bu atomların aralarındaki organizasyon ve birbirleriyle birleşme şekilleri son derece komplekstir.

Şimdi bu resme bakarak düşünelim. Evrimciler bu 1000 atomun tesadüfen biraraya gelerek, bu şekilde görüldüğü gibi birbirlerine bağlandıklarını iddia ederler. Ve bu rastgele birleşmelerin sonucunda "tesadüfen" canlının yaşamı için son derece önemli görevlere sahip sitokrom-c proteininin meydana geldiğini söylerler. Üstelik bu 1000 atomun içinde, demir, karbon, nitrojen gibi birçok çeşit atom bulunmaktadır. Yani sitokrom-c'yi oluşturabilmek için gerekli olan farklı atomlar, belirli bir sayıda, belirli bir zamanda, belirli bir yerde bulunmalı, sonra gerekli yerlerden birbirleriyle ayrı ayrı, resimde görüldüğü gibi, en uygun kimyasal bağlarla bağlanmalıdırlar. İşte evrimcilerin son derece mantıksız ve akıl almaz iddialarına göre bunların hepsi rastgele gerçekleşmeli, ama canlılık için son derece önemli olan bir protein buna rağmen oluşmuş olmalıdır.

Dahası evrimciler, sadece sitokrom-c proteininin oluşması için değil, canlılık için gereken binlerce proteinin oluşması için aynı tesadüf masalını iddia ederler. Karbon, nitrojen, demir, fosfor gibi şuursuz, cansız, hiçbir şeyden habersiz atomların, farklı oranlarda ve farklı düzenlerde birleşerek canlılık için gerekli olan tüm proteinleri meydana getirdiklerini iddia etmek akla ve mantığa kesinlikle aykırıdır.

Milimetrenin milyonda beşi kadar yer kaplayan bu küçücük yapıların canlı vücudunda üstlendikleri görevler görüldüğünde ise, şuursuz atomların bu kadar önemli yapıları tesadüfen inşa ettiklerini iddia etmenin daha da büyük bir mantıksızlık ve akılsızlık olduğu anlaşılacaktır.

Örneğin bazı proteinler saçları, tırnakları ve hayvan tüylerini oluşturan teflon benzeri maddeyi oluşturur. Bazıları kasları kemiklere bağlayan tendonları oluşturur. Ayrıca hücreye gelen mesajları getirenler de, mesajları alan ve değerlendirenler de proteinlerdir. Hücrenin içine giriş çıkışları kontrol eden kapılar ve pompa sistemleri de proteinlerdir. Kimyasal reaksiyonları hızlandıranlar yine proteinlerdir. Hemoglobin adındaki protein kandaki oksijeni dokulara taşır. Transferin isimli protein ise kanda bulunan demiri taşır. İmmunoglobülinler bakteri ve virüslere karşı vücudu savunan proteinlerdir. Fibrinojen ve trombin ise kanın pıhtılaşmasını sağlar. İnsülin, vücuttaki şeker metabolizmasını düzenleyen bir protein çeşididir.

Bazı canlılarda insan vücudunda bulunmayan, ancak o canlının hayatı için son derece büyük önemi olan başka proteinler de bulunur. Örneğin bazı balıkların kanında bulunan antifriz proteini bu balıkların kanını donmaya karşı korumaktadır. Böcek kanatlarının hareketini sağlayan rezilin proteini hemen hemen mükemmel bir elastik özelliğe sahiptir. Sadece 20 amino asitin, diğer bir deyişle birkaç yüz atomun birleşmesinden meydana gelen bu moleküllerin bu kadar farklı özelliklere sahip olmaları olağanüstü bir olaydır. Atomların biraraya gelerek bu kadar çok önemli iş başaran, akıl gösteren, organize olabilen, en gerekli yerde en gerekli kararı verip, bunu uygulayabilen yapıları tesadüfen inşa etmiş olmaları kesinlikle imkansızdır. Üzerinde düşünülmesi gereken bir konu da, aşağı yukarı benzer atomlardan oluşan proteinlerin görev ve işlevlerinin bu kadar çeşitlilik göstermesidir. Proteinler çoğu zaman benzer atomlardan oluşurlar. Ancak bu atomların farklı sayılarda ve farklı dizilimlerde olması o protein molekülüne farklı görev ve yetenekler yükler. Bu gerçekleri tesadüflerle açıklamak kesinlikle imkansızdır. Aslında evrimciler de bunu itiraf ederler. Örneğin ülkemizin önde gelen evrimcilerinden Prof. Ali Demirsoy, sitokrom-c proteininin oluşumu için şöyle der:

"Bir Sitokrom-C'nin dizilimini oluşturmak için olasılık sıfır denilecek kadar azdır... Ya da oluşumunda bizim tanımlayamayacağımız doğaüstü güçler görev yapmıştır. Bu sonuncusunu kabul etmek bilimsel amaca uygun değildir. O halde birinci varsayımı irdelemek gerekiyor." 3

Demirsoy kitabının başka bir bölümünde ise, sitokrom-c'nin tesadüfen oluşması ihtimali için "bir maymunun daktiloda hiç yanlış yapmadan insanlık tarihini yazma olasılığı kadar azdır" der. 4

Bir maymun daktiloda hiç yanlış yapmadan insanlık tarihini yazamayacağına göre, sitokrom-c proteini de kesinlikle tesadüfen oluşamaz. Ancak Demirsoy'un ilk alıntısında belirttiği gibi, evrimciler için doğaüstü güçlerin varlığını kabul etmek "bilimsel amaca uygun" değildir. Yani evrimci bilim adamlarının "bilimsel amaç"ları (!) Allah'ın varlığını inkar etmek ve materyalizmi savunmak olduğu için, sitokrom-c proteininin tesadüfen oluştuğunu kabul etmek zorunda olduklarını öne sürmektedir. Bu o kadar mantıksız bir iddiadır ki, üzerinde biraz düşünüldüğünde evrimcilerin ne kadar büyük bir yanılgı içinde olduklarını görmek için tek başına yeterlidir. Örneğin biri size gelse ve Taksim Meydanı'ndaki bir taş yığınının şiddetli rüzgarın etkisiyle muhteşem bir insan heykeline dönüştüğünü söylese... Veya bir kayalığa çarpan dev dalgaların bu kayalıkta tesadüfen Ürdün-Petra'daki taş işçiliğinin en güzel örnekleri olan yapıları oluşturduğunu söylese, o kişinin aklı ve samimiyeti hakkında ne düşünürdünüz? Görüldüğü gibi evrimciler, tüm bu olanaksızlıklardan daha da olanaksızını kabul edebilecek kadar büyük bir mantık ve akıl çöküntüsü içindedirler. Çok açık gerçeklere gözlerini kapatıyor olmaları, büyük bir bölümünün anlayışını ve kavrayışını kapatmıştır. Protein moleküllerinin canlılık için, üstün bir akla, bilgiye ve güce sahip olan Allah tarafından tasarlandıkları ve yaratıldıkları çok açık bir gerçektir.

Tesadüfler hiçbir zaman kompleks bir tasarım meydana getiremezler. Proteinler gibi üstün bir tasarıma sahip moleküllerin tesadüfen oluştuğunu söylemek, taş yığınlarının rüzgarlar sayesinde bir heykele veya kayalara vuran dalgalar sayesinde tesadüfen mimari bir harikaya dönüştüğünü iddia etmekten çok daha mantıksız ve akıl dışıdır.

PROTEİNLERİN GÖREVLERİNE UYGUN KUSURSUZ TASARIMLARI

Maddelere özelliklerini veren, atomlarındaki düzendir. Her maddeyi meydana getiren atomlar "molekül" adı verilen özel gruplar halinde düzenlenmiştir. Canlıların yapılarını ve sistemlerini oluşturan moleküllerin atomları da canlılık için özel olarak düzenlenmiştir. Bu, son derece önemli bir konudur. Çünkü elinizdeki kitaptan oturduğunuz koltuğa, kendi bedeninizden çiçeklerinize kadar her varlık atomlardan oluşur. Ancak atomların farklı şekillerde gruplanmaları ve organize olmaları ile, canlı ve cansız maddeler birbirlerinden tamamen ayrılırlar.

Proteinler, canlılığı oluşturan dört büyük ana molekül grubundan biridir. (Diğerleri nükleik asitler, lipidler ve karbonhidratlardır.) Her molekül grubunda atomlar farklı şekillerde dizilmişlerdir. Bu sayede farklı özellikler kazanırlar ve bu özelliklerine göre görevler üstlenirler.

Moleküllerdeki atomların düzeni o kadar hassas ve önemlidir ki, çok kısa bir anda, tek bir protein molekülünün atomlarının gerektiği gibi düzenlenmemesi durumunda vücutta onarılmaz hasarlar oluşabilir. Örnek olarak görme olayını ele alabiliriz. En gelişmiş kameradan bile çok daha üstün bir teknolojiye sahip olan gözde, görme olayının gerçekleşmesi için birçok protein görev yapar. Tıpkı kamerada görüntünün oluşmasından sorumlu olan birçok parçanın görev yapması gibi. (Ancak burada şunu da belirtmeliyiz ki, göz ve kamera sistemleri arasında bir kıyas mümkün olmakla birlikte, kameranın parçaları hiçbir zaman gözdeki proteinlerin oluşturduğu netlik ve mükemmellikte bir görüntü oluşturamayacağı açıktır. Bugün en gelişmiş teknolojilerle üretilen kameralar için de bu durum geçerlidir.) Bu parçalardan birinin bozuk olması kamerada görüntünün oluşmasını engelleyecektir veya bozuk olmasına neden olacaktır. Aynı şekilde görme işleminde görev alan birçok proteinden bir tanesinin bile gerekli moleküler yapıya sahip olmaması durumunda, görme işlemi bir anda hasara uğrayabilir. Örneğin rodopsin, gözün ışığa tepki vermesini sağlayan bir proteindir. Rodopsinin yapısındaki en küçük bir bozukluk bu işlemi aksatır. Aynı şekilde retinadaki koni hücrelerde bulunan ve renkli görmeyi sağlayan proteinlerin yapılarındaki bozukluklar da renkli görmeyi engeller. Bir başka örnek, gözü ultraviyole ışınlarının zararlı etkilerinden koruyan melanin proteininin görevini yapamaması durumunda gözde katarakt hastalığın oluşmasıdır.

Bu örneklerde de görüldüğü gibi, proteinlerin kendilerine tahsis edilmiş görevleri yerine getirebilmeleri için en uygun moleküler yapıya sahip olmaları şarttır. Bunun içinse, proteinleri meydana getiren amino asit moleküllerinin de en uygun şekilde düzenlenmiş olması gereklidir. Amino asitlerin yapısında da tıpkı proteinlerde olduğu gibi ayrıntılı bir tasarım ve kusursuz bir işleyiş hakimdir.

AMİNO ASİTLERDEKİ DÜZEN

Proteinler, amino asit isimli moleküllerden oluşurlar. Amino asitler proteinlere göre daha küçük moleküller olmalarına rağmen, oldukça kompleks bir yapıları vardır. Amino asitleri oluşturan atomlar üç ayrı grup halinde bulunurlar; amino grubu, karboksil grubu ve yan zincir grubu (ya da radikal grup).

Bütün amino asitlerde amino ve karboksil grupları aynıdır. Bir amino asiti diğerlerinden farklı kılan tek özellik, moleküle bir ucundan bağlanan yan zincir grubudur. Bu yan zincir gruplarının her amino asitte farklı olması sayesinde her amino asit birbirinden çok farklı özelliklere sahip olur.

Nasıl ki bir makinenin yapısında çeşitli malzemeler kullanılmaktaysa, vücudumuzdaki çok karmaşık görevleri yerine getirebilmesi için protein makinalarında da farklı özelliklere sahip malzemeler bulunmalıdır. İşte amino asitlerin yan zincir gruplarındaki atomların şekli, sayısı ve sıralamaları, elektrik yükleri, hidrojen bağı kapasitelerinin farklı farklı olması, amino asitlere çeşitlilik kazandırır ve bu çok çeşitli malzemeden de yine çok çeşitli protein makinaları üretilir. Örneğin yan zincir gruplarının (+) veya (-) elektrik yükünün olması veya yüksüz olması amino asit molekülünün suda eriyip erimemesini sağlar.

Bu şekilde farklı özelliklere sahip olan amino asitlerin farklı dizilimlerle yanyana gelmeleri, proteinlerin vücut içinde hayret verecek derecede çeşitli görevleri yerine getirebilmelerini sağlar. Ancak canlıların yapılarında bulunan amino asitlerde çok özel bir durum söz konusudur. Doğada 200'ün üzerinde amino asit bulunmasına rağmen proteinler bu amino asitlerin sadece 20 tanesinden oluşur.

PROTEİNLERDE NEDEN DOĞADAKİ 200 AMİNO ASİTTEN SADECE 20 TANESİ KULLANILIR?

Soldaki resim: "a-heliks" özelliğine sahip  yan zinciri olan amino asit zinciri Alttaki resim: "ß-tabaka" özelliğine sahip yan zinciri olan amino asit zinciri

Doğada 200'ün üzerinde amino asit bulunmaktadır. Teorik olarak doğada bulunması beklenen amino asit sayısı ise bu sayıdan çok daha fazladır. İnsan vücudunda dahi, proteinlerde kullanılanların dışında birçok amino asit vücudun metabolik fonksiyonlarında kullanılmaktadır. Peki proteinler, yanıbaşlarında başka amino asitler bulunmasına rağmen neden özellikle bu 20 amino asiti seçmektedirler?

Bu sorunun cevabını proteinlerin yapılarından ve fonksiyonlarından yola çıkarak verebiliriz. Çünkü yaşam için gerekli olan proteinler görevlerini yerine getirebilmek için belirli özelliklere sahip olmalıdırlar ve onlara bu özelliklerini sağlayan en önemli unsurlardan biri amino asitlerdir. Örneğin amino asitlerden bir bölümünün hidrofobik, yani suyu iten bir özellik taşıyan yan zincirlere sahip olması şarttır. Ve bu yan zincirler çok büyük olmamalıdır, yoksa onları proteinin içine paket ederek yerleştirmek imkansızlaşır.

Bir kısım amino asitin yan zincirlerinin " heliks" ve " tabaka" oluşumları olarak bilinen iki özelliğe sahip olmaları gerekir. Çünkü bu özellikler sayesinde protein üç boyutlu şeklini alabilmektedir ve bunlar, bu proteinin işlevini görebilmesi için gerekli olan özelliklerdir.

Yapılan incelemeler sonucunda, proteinlerde kullanılan 20 amino asitin birçoğunun hidrofobik yan zincirleri olduğunu, yarısının a-heliks ve yarısının da b-tabaka özelliklerine sahip oldukları görülmüştür.

Bu 20 amino asitin özelliklerini tek tek incelediğimizde de neden proteinler için özel olarak seçilmiş olduklarını anlayabiliriz. Örneğin en küçük ve en basit amino asit olan glisin bile en önemli proteinlerden biri olan kolajen proteininde çok önemli bir göreve sahiptir. Kolajeni oluşturan her üç amino asitten biri glisindir ve küçük boyutları kolajen molekülünün tasarımında önemli bir rol oynar. Çünkü bu amino asit, proteini oluşturan zincirlerin birarada sıkıca bükülmelerini sağlar. Bu kolajen liflerinin gerilme direncini arttırır. Bilindiği gibi, kolajen lifleri çelikten daha güçlü bir gerilme direncine sahiptirler. Eğer bu proteinin yapımında glisin yerine daha uzun yan zincirli başka bir amino asit kullanılsaydı, kolajen lifleri bu kadar fazla gerilme direncine sahip olamazlardı. Aynı zamanda, glisin olmasaydı, kolajen lifleri canlıların hücrelerini birbirine yapıştıracak güce de sahip olamazlardı.

Yukarıda kısaca anlatıldığı gibi, proteinleri oluşturan 20 amino asitin, doğada bulunan 200 amino asitin arasından seçilmelerinde bir bilinç ve plan vardır. Eğer bu seçim rastgele olsaydı, hayatın devamı için gereken proteinler asla oluşamazlardı. Tek bir amino asitin olması gerekenden farklı olması, hayati bir fonksiyonun çökmesi anlamına geleceği için canlılıktan sözetmek de mümkün olmazdı.

Görüldüğü gibi, canlılığın her aşamasında bilinçli bir tasarım ve akılcı bir seçim ve düzen vardır.

CANLI YAPILARDAKİ PROTEİNLER SADECE SOL-ELLİ AMİNO ASİTLERDEN MEYDANA GELİR

Yapılan araştırmalar, 200 amino asit çeşidinden 20 tanesinin farklı sayı ve dizilimlerle bir araya gelmelerinin proteinlerin oluşumu için yeterli olmadığını göstermiştir. Bütün bu amino asitlerin aynı zamanda "sol-elli" olmaları gerekir.

Doğada bulunan her amino asit türünün sağ-elli ve sol-elli olmak üzere iki farklı tipi vardır. Bir amino asitin diğerine benzerliği, kendisinin aynadaki görüntüsü gibidir. Bütün özellikleri aynı olmasına rağmen, sağ ve sol eldiven gibi birbirlerine ters dururlar.

Bunun nedeni, ikiz amino asitlerin birinde amino grubunun karbon atomuna sol taraftan, diğerinde ise sağ taraftan bağlanmasıdır. Bu şekilde her amino asit ikizinin birine sol-elli diğerine de sağ-elli amino asit denilmektedir. Doğada her iki amino asit türüne de bol miktarda ve aynı oranlarda rastlanmaktadır. Ve iki tür amino asit de, aynı kolaylıkta kimyasal reaksiyonlara girerek çeşitli bileşikler oluşturabilmektedir. Yani iki tür amino asiti birbirinden ayıran tek fark simetrilerindeki bu yapı farkıdır.

Ancak canlılardaki proteinleri inceleyen bilim adamları bu proteinlerin yalnızca sol-elli amino asitlerden oluştuklarını farkettiler. Canlı yapılarda tek bir sağ-elli amino asit dahi bulunmamaktadır.

Daha detaylı incelemeler sonucunda ise proteinleri oluşturan amino asitlerin hepsinin sol-elli olmalarının çok önemli bir nedeni olduğu keşfedildi. Sağ-elli amino asitler de aynı sol-elliler gibi birbirleriyle birleşip amino asit zincirleri oluşturabiliyorlardı, ama proteinin üç boyutlu şekle bürünmesini engelliyorlardı. Oysa canlılardaki proteinlerin görevlerini yerine getirebilmeleri için -ileride daha detaylı inceleyeceğimiz gibi- mutlaka üç boyutlu bir yapıda olmaları gerekmektedir. Bu durumda yararlı bir proteinin oluşabilmesi için tüm amino asitlerin sol-elli amino asitlerden seçilmesi gerektiği, aksi takdirde araya karışacak tek bir sağ-elli amino asitin dahi proteinin işlev görecek şekilde oluşmasını engelleyeceği anlaşılmış oldu.

Canlılardaki proteinlerin sadece sol-elli amino asitlerden meydana geldiğinin ortaya çıkması, evrimciler için önemli bir sorun daha oluşturmaktadır. Çünkü görüldüğü gibi, proteinlerin oluşabilmesi için birkaç aşamalı bir seçim söz konusudur. İlk olarak 200'den fazla amino asit çeşidinden 20 tanesinin doğru olarak seçilmesi gerekmektedir. Bu 20 çeşit amino asit ise mutlaka sol-elli olmalıdır. Araya karışacak tek bir yanlış amino asit veya doğru amino asitin sağ-elli olanı proteini işlevsiz ve atıl hale getirecektir.

Britannica Ansiklopedisi'nde proteinler için sol-elli amino asitlerin gerekliliğinin evrim açısından bir çıkmaz olduğu şöyle ifade edilir:

... Yeryüzündeki tüm canlı organizmalardaki proteinler gibi karmaşık polimerlerin yapı blokları olan amino asitlerin tümü, aynı asimetri tipindedir. Adeta tamamen sol-ellidirler. Bu, bir bakıma, milyonlarca kez havaya atılan bir paranın hep tura gelmesine, hiç yazı gelmemesine benzer. Moleküllerin nasıl sol-el ya da sağ-el olduğu tamamen kavranılamaz. Bu seçim anlaşılmaz bir biçimde, yeryüzü üzerindeki yaşamın kaynağına bağlıdır. 5

Britannica Ansiklopedisi'nin açıklamasındaki "bu seçim anlaşılmaz bir biçimde, yeryüzü üzerindeki yaşamın kaynağına bağlıdır" ifadesinin üzerinde durmak gerekir. Evrimciler yaşamın kaynağının tesadüfler olduğunu iddia ettikleri için, tesadüfen gelişen olayların bu kadar bilinçli ve isabetli seçimler yapmasının "anlaşılmaz" olduğunu düşünmektedirler. Oysa tüm bu bilinçli seçimler kör ve bilinçsiz tesadüflere değil, üstün bir Yaratıcı olan Allah'a aittir. Evrimciler yaratılış gerçeğini kabul etmemek için, akıl ve mantık dışı iddialar öne sürebilmekte, bu seçimin "tesadüfler"in eseri olduğunu iddia edebilmektedirler. Bu iddiaya göre proteinleri oluşturan amino asitler ve bunları meydana getiren atomlar, tesadüfen en uygun şekilde biraraya gelme kararı almışlar ve böylece canlılık için vazgeçilmez olan proteinleri meydana getirmişlerdir. Kuşkusuz böyle bir iddiada bulunabilmek bilimin ve aklın sınırlarını tamamen çiğnemek demektir.

Nitekim bu konu üzerine yapılan olasılık hesapları ile bilim adamları, küçük bir protein molekülünün sadece sol-elli amino asitlerden oluşabilme ihtimalinin 10210'da 1 olduğunu hesaplamışlardır. Matematikte 1050'de 1 ihtimal sıfır olarak kabul edilir. 1050 sayısı, 1 sayısının yanına 50 tane sıfır yazılarak elde edilir ve böylesine büyük bir sayının içinde 1 ihtimal "yok" demektir. Öyleyse 1 sayısının yanına 210 tane sıfır yazılarak elde edilen 10210 gibi çok daha büyük bir sayının içinde 1 ihtimalin oluşması imkansızdan da ötedir. 6

Ünlü kimyager Walter T. Brown, sol-elli amino asitlerin tesadüfen biraraya gelerek tek bir proteini dahi oluşturmalarının imkansızlığını şöyle özetlemektedir:

Her tip amino asit, cansız maddelerde veya laboratuvarlarda sentezlendiği zaman kimyasal olarak birbiriyle aynı olan iki formda oluşur. Bu amino asitlerin yarısı sağ-elli olarak tanımlanabilir, diğer yarısı da sol-ellidir. Her yapı birbirinin aynadaki görüntüsü gibidir. Fakat canlılardaki, bütün insanlardaki, hayvanlardaki, bitkilerdeki ve bakterilerdeki ve hatta virüslerdeki amino asitler hep sol- ellidir. Hiçbir doğal işlem sağ ve sol-elliliği ayırt edemez. Bu şekilde sadece sol-elli amino asitlerden meydana gelen tek bir proteinin dahi tesadüfen oluşabilme ihtimali matematik olarak sıfırdır. 7

Burada dikkat edilmesi gereken nokta, bilinçli bir seçimin gerçekleşiyor olmasıdır; eğer bir seçim varsa, o zaman mutlaka "seçen", akıl, bilgi ve bilinç sahibi bir irade de olmalıdır. Açıktır ki bu, her canlıyı en küçük yapıtaşlarına kadar bir düzen içinde inşa eden, üstün bir akıl, bilinç, ilim ve güç sahibi olan Allah'ın seçmesidir. Kuran'da da bildirildiği gibi;

Gökten yere her işi O evirip düzene koyar... (Secde Suresi, 5)

AMİNO ASİTLERİN DİZİLİMİNDEKİ PLAN

Proteinlerin oluşması için buraya kadar anlatılan şartların oluşması da yeterli değildir. Her protein için özel bir amino asit dizilimi gerekir.

Bir zincirin halkalarının birbirlerine eklenmeleri gibi birleşen amino asitler, birleşir birleşmez çok farklı yapılara bürünürler ve proteinlerin üç boyutlu şekillere sahip olmalarını sağlarlar. İleride de detaylarını inceleyeceğimiz gibi, proteinlerin üstlendikleri görevleri yerine getirebilmeleri için bu üç boyutlu yapıda olmaları şarttır. Ancak bunun için, amino asit diziliminde tek bir amino asitin dahi yerinin değişmemesi, eksik olmaması veya farklı bir amino asitle yer değiştirmemesi gerekir.

Şekilde yan zinciri ile birlikte gösterilen bir amino asit zinciri görülmektedir.  Bu zincirde yer alan amino asitlerden herhangi birinin yerinin değişmesi veya yerinden çıkartılması, bu protein molekülünü işe yaramaz hale getirir. Dolayısıyla buradaki dizilim kesinlikle rastgele değil, bir tasarım sonucu oluşur.

Çünkü tek bir parçanın dahi eksilmesi veya bozulması bu parçanın, bütün içindeki uyumunu bozacak, proteinin yapısını kullanılmaz hale getirecektir. Bu bir kelimenin içindeki tek bir harfin değişmesiyle meydana gelecek olan anlam değişmesi veya kelimenin anlamsızlaşması gibidir. Sözgelimi, "kamil" kelimesini yazarken, tek bir harfin yanlış yazılması ile (m yerine t yazılması ile) ortaya tamamen farklı bir manaya gelen "katil" kelimesi çıkar. Veya bu kelimeden tek bir harf çıkarıldığında, örneğin a harfi çıkarılarak kelime "kmil" olduğunda anlam tamamen bozulur. Nasıl ki, bir kelimedeki tek bir harfin dahi yeri değiştiğinde veya harflerden biri eksik olduğunda kelimenin anlamı kayboluyorsa, proteinler için de durum aynıdır. Tek bir amino asitin dahi yerinin değişmesi bütün bir protein molekülünü görevini yapamaz hale getirir, yani anlamını bozar. Protein bambaşka bir molekül oluverir. Çünkü her bir amino asit tıpkı kelimeye özel bir ses katan bir harf gibi proteine belirli bir özellik kazandırır. Her amino asit şekli, elektrik yükü, kimyasal reaksiyonlara girme biçimi ile bambaşka sesleri ifade eden harfler gibidir.

Tek bir amino asitin yanlış veya eksik yazılmasının vücutta ne tür arızalara neden olabileceğine, bir kan kanseri türü olan Akdeniz anemisi hastalığını örnek olarak verebiliriz. Bilindiği gibi, vücudumuzdaki tüm hücrelere oksijen, kanımızdaki alyuvarlar aracılığıyla taşınır. Oksijen molekülünün taşınması işlemini, alyuvarlarda bulunan ve yaklaşık 600 amino asitten oluşan hemoglobin adlı proteinler yaparlar. Genetik bir hastalık olan Akdeniz anemisine, hemoglobinin yapısında yer alan tek bir amino asitin farklı olması yol açmaktadır; hemoglobinde bulunan amino asit zincirlerinde "glutamik asit" isimli amino asit yerine "valine" isimli amino asit geçer. Bu şekilde hemoglobindeki tek bir amino asitin yanlış olması, proteini görevini yapamaz, yani oksijeni taşıyamaz hale getirir. 600 amino asit içinde tek bir amino asitin hatalı olmasının sonucu görüldüğü gibi ölümcül bir hastalıktır.

Evrim teorisine göre ise, tüm bu amino asitler tesadüfen biraraya gelerek dizilmişler ve bunun sonucunda binlerce işe yarar ve son derece üstün niteliklere ve fonksiyonlara sahip protein çeşidini oluşturmuşlardır. Dahası bu proteinlerin her biri yerli yerinde, atıl durumda kalmadan ve birbirleriyle koordine bir şekilde görevlerini yerine getirmektedirler. Tesadüflerin böyle kusursuz düzenler, müthiş bir plan ve programla işleyen sistemler kurması kesinlikle imkansızdır. Tesadüfler ancak düzensizlik, karmaşa, kaos meydana getirirler, yüksek bir teknolojinin ve üstün bir dehanın ürünü olan makinaları asla oluşturamazlar. Yararlı proteinlerin oluşabilmesi için gerekli amino asit çeşitlerinin belirli bir sayıda ve belirli bir sırada dizilmelerinin gerekmesi dahi, evrim teorisinin tesadüf iddiasının kesinlikle imkansız olduğunu açıkça ortaya koymaktadır. Bu kusursuz düzenin tek sahibi yeryüzündeki bütün canlıları bütün molekülleriyle birlikte yaratan Allah'tır.

AMİNO ASİTLERİ BİRBİRLERİNE BAĞLAYAN KÖPRÜ: PEPTİD BAĞI

Proteinlerin oluşması için gereken koşullardan bir diğeri de, doğru amino asitlerin, doğru sıralamada bulunmalarının yanısıra, doğru bağ ile birbirlerine bağlanmalarıdır. Amino asitler arasındaki bu bağ adeta bir köprü gibidir. Bu köprüde, amino asitlerin birbirine bağlanma açıları, yönleri, içlerindeki atomların çeşidi ve sayısı her bir protein için özel olarak hesaplanmıştır. Örneğin bir protein zincirindeki iki amino asidin arasındaki birleşme açısının olması gerekenden farklı olması bu köprünün kurulmasını, dolayısıyla proteinin oluşumunu engelleyecektir. Sonuçta işe yaramayan farklı bir molekül elde edilecektir. İşte amino asitlerin birleşmelerindeki bu özel köprülere "peptid bağları" adı verilir.

Canlıların kimyasını inceleyen bilim adamları canlıların yapısında bulunan moleküllerdeki atomların hemen hemen hepsinin "kovalent bağ" denilen bir tür bağ ile birleştiklerini biliyorlardı. Fakat yapılan incelemelerde, proteinleri oluşturmak için biraraya gelen amino asitlerin aralarında, daha önce tanımlanmamış özel bir bağ kurdukları anlaşıldı. Bütün proteinler için bu değişmez bir kuraldı.

Proteinlerin oluşmasında bu bağların önemi ilk kez 1902 yılında Hofmeister ve Fisher tarafından ortaya çıkarıldı. Bu iki araştırmacı bu özel bağın varlığını ortaya çıkarmak için "biuret" olarak anılan bir test uyguladılar. 8 Bu testin sonucunda proteinlerde görev alan özel bir bağın varlığını tespit ettiler.

Peptid bağını diğer bağlardan ayıran en önemli özellik, ısıtılarak veya buna benzer yollarla çok çabuk çözülmemesidir. Peptid bağ ancak yüksek ısıda, uzun süre kuvvetli asit ya da bazlara maruz kaldığında çözülebilir. Proteinlerin sağlam ve dayanıklı olmalarını da işte bu peptid bağ sağlar.

Bu özel bağın kurulabilmesi için bir amino asitteki karboksil grubunun (yani içinde karbon, oksijen, hidrojen atomlarının bulunduğu özel molekül) diğer amino asitteki amino grubuyla (içinde nitrojen ve hidrojen atomları bulunan özel bir molekül) birleşmesi gereklidir. Bu şekilde protein zinciri boyunca bağlantı yerlerinde önemli bir denge kurulmuş olur. Protein moleküllerinin % 80 kadarından fazlasını oluşturan bu bağın meydana gelmesi sırasında su açığa çıkar.

Bu noktada şu soruyu sorabiliriz: Dünya üzerindeki tüm canlıların molekülleri birbirlerine "kovalent bağ" ile bağlıyken, amino asitlerin arasındaki bağın peptid bağ olmasını sağlayan nedir?

Yapılan araştırmalar şunu göstermektedir: Amino asitler birarada bulunduklarında aralarında oluşturdukları bağların sadece yaklaşık olarak %50'si peptid bağı ile olmakta, diğerlerinde ise farklı bağlarla birbirlerine bağlanmaktadırlar. Bu farklı bağlarla bağlandıklarında ise ortaya protein molekülü çıkmamaktadır. 9 Nasıl ki, doğru ve gerekli proteinlerin oluşabilmesi için belirli çeşitlerdeki amino asitlerin, belirli miktarlarda, uygun bir dizilimle ve her amino asitin mutlaka sol-elli olması kaydıyla dizilmeleri gerekiyorsa, aynı zamanda aralarındaki bağın da peptid bağ olması gerekir. Bu koşullardan tek bir tanesi dahi gerçekleşmediğinde veya aksadığında, protein oluşamaz. Bu noktada şunu da unutmamak gerekir ki, ortalama bir protein molekülü birkaç yüz amino asit içermektedir. Bu amino asitlerin her birinin bir diğeri ile peptid bağ kurma ihtimali %50'dir. Dolayısıyla tek bir protein molekülünün oluşması için, yüzlerce peptid bağı kurulması gerekmektedir ve bunların her birinin, -ayrı ayrı- oluşma ihtimali %50'dir.

Buraya kadar anlatılanlardan yola çıkarak, tek bir proteinin oluşabilmesi için, proteinleri oluşturan amino asit zincirlerinin hangi özelliklere sahip olmaları gerektiğini kısaca özetleyelim:

1. Doğada bulunan 200'ün üzerinde amino asit çeşidinden sadece 20 tanesi canlı organizmalarda bulunur. Bu 200 çeşit amino asitten, yapılacak protein için gerekli olanların seçilip ayırılmaları gerekir.

2. Seçilen amino asitlerin ayrıca sağ-elli değil, mutlaka sol-elli olmaları gerekir.

3. Amino asitlerin doğru ve gerekli olanları seçildikten sonra proteinin oluşabilmesi için, dizilimlerinin de belirli bir sıralamada olması gerekir.

4. Seçilen amino asitlerin doğru şekilde dizilmelerinden sonra, bunları birbirlerine bağlayacak olan bağın ise mutlaka peptid bağ olması gerekir.

Tek bir protein molekülünün oluşması için yukarıda sayılan şartlardan tek bir tanesinin bile tesadüfler sonucunda oluşması kesinlikle imkansızdır. Dolayısıyla tesadüfen gerçekleşmesi imkansız birkaç koşulun yine tesadüfen biraraya gelip proteinleri oluşturmuş olmaları ise kesinlikle mümkün değildir.

Moleküler biyologlar tarafından, proteinlerin şans eseri meydana gelme ihtimallerinin olmadığı konusunda çok fazla olasılık hesabı yapılmıştır. Bu bilim adamları arasında Harold Morowitz, Fred Hoyle, Ilya Prigogine, Hubert Yockey ve Robert Sauer gibi ünlü bilim adamları bulunmaktadır. Burada sayılanlar, evrimci bilim adamları olmalarına rağmen, vardıkları sonuç, protein gibi makromoleküllerin tesadüfen oluşma ihtimallerinin kesinlikle olmadığı yönündedir.

Uzunluğu 100 amino asit olan küçük bir protein molekülünün tesadüfler sonucunda oluşma ihtimalinin imkansızlığını şöyle bir matematik hesabı ile görebiliriz:

100 amino asit uzunluğundaki bir proteinde, tüm amino asitlerin şans eseri sol-elli olma ihtimali yaklaşık olarak (1/2)100 ya da 1030'da 1 ihtimaldir. Canlılardaki proteinlerde 20 amino asit bulunduğundan, proteini oluşturan amino asit zincirinin belli bir bölgesinde özel bir amino asit elde etme ihtimali 1/20 dir. 100 amino uzunluğundaki özel bir proteini elde etme ihtimali (1/20)100 ya da 10130'da 1'dir. Belli bir amino asit zincirinde peptid bağ elde etme ihtimali yaklaşık %50' dir. İçindeki bütün bağların peptid olduğu 100 amino asitlik bir zincir elde etme ihtimali yaklaşık (1/2)100 yada 1030'da bir ihtimaldir. Bu da neredeyse sıfır denebilecek kadar az bir ihtimaldir.

Şimdi tüm bu olasılık hesaplarını gözönünde bulundurarak, bütün bağlarının peptid bağ olduğu, bütün amino asitlerinin sol-elli olduğu ve amino asitlerin belirli bir protein için özel bir sıralamaya göre dizildiği 100 amino asit uzunluğundaki bir zincirin şans eseri oluşma ihtimalinin ne olduğuna bakalım. Bu ihtimal yaklaşık 10190'da 1 olur. Böyle bir ihtimalin gerçekleşebilmesi için dünyanın yaşı kadar uzun bir süre verilse bile, pratik olarak bu proteinin oluşması ihtimali sıfırdır. Ayrıca matematiksel olarak 1050'de bir ihtimalin "sıfır" olduğunu da göz önünde bulundurursak, böyle bir durumun tesadüfen oluşması ihtimalinin kesinlikle imkansız olduğunu açıkça görebiliriz. Hatta 10190 sayısının yaklaşık 4 tane 1050 sayısı içerdiği düşünülürse bu imkansızlık daha da iyi anlaşılır. (1050.1050.1050.1040=10190) Bu sonuçların ışığında dünyaca ünlü biyokimyacı Michael Behe, 100 amino asit uzunluğundaki bir proteinde uygun bir dizilim elde etme ihtimalinin, gözleri kapalı birinin 8.600.000 kilometrekare büyüklüğündeki Sahra çölündeki işaretlenmiş tek bir kum parçasını bulma ihtimalinden bile çok daha az olduğunu ifade etmiştir. 10

Tek bir proteinin dahi tesadüfen oluşması imkansızlığın bu kadar ötesinde iken, canlıların yapılarında görev yapan binlerce çeşit proteinin tesadüfen oluşup, biraraya gelerek hücreleri oluşturduğunu iddia etmenin ne kadar mantık dışı olduğu ortadadır. Kaldı ki, hücre bünyesinde görev yapanlar sadece proteinler değildir. Hücre üstün bir şuurla yaratılmış olan proteinlerin ve diğer moleküllerin aynı şuur ile ve eşsiz bir planla organize edilmelerinden oluşur. Hücrenin planı içinde hiçbir molekül boş yere üretilmez, her birinin kendi özelliklerine uygun bir görevi vardır.

Proteinin oluşumunun her aşamasında bir bilinç, bilgi, irade, akıl, güç ve tasarımın varlığı açıkça görülmektedir. Bunlar ise, üstün bir Yaratıcı olan Rabbimize ait olan özelliklerdir. Allah'ın dışında, aciz ve hiçbir şeye gücü yetmeyen tesadüf gibi kavramları veya varlıkları yaratıcı kabul edenler, büyük bir yanılgı ve sapkınlık içindedirler. Allah bir ayetinde şöyle buyurmaktadır:

Göklerin ve yerin mülkü O'nundur; çocuk edinmemiştir. O'na mülkünde ortak yoktur, herşeyi yaratmış, ona bir düzen vermiş, belli bir ölçüyle takdir etmiştir. O'nun dışında, hiçbir şeyi yaratmayan, üstelik kendileri yaratılmış olan, kendi nefislerine bile ne zarar, ne yarar sağlayamayan, öldürmeye, yaşatmaya ve yeniden diriltip-yaymaya güçleri yetmeyen birtakım ilahlar edindiler. (Furkan Suresi, 2- 3)

PROTEİNLERİN DÖRT FARKLI YAPISI

Proteinlerin fiziksel, kimyasal ve biyolojik özelliklerini ve bu özellikler sayesinde yerine getirecekleri görevlerini, yapılarında yer alan amino asitlerin türü, sıralanışı ve bu amino asitlerin yan zincirindeki düzenlemeler belirler. Proteinler,

1. primer,

2. sekonder,

3. tersiyer ve

4. kuaterner olmak üzere dört farklı yapıda olabilirler.

1) PRİMER YAPI: Belirli sayı, şekil ve düzendeki amino asitler bir zincir oluştururlar. 2) SEKONDER YAPI: Amino asit zinciri bir sarmal şeklinde kıvrılır. Bunun nedeni her amino asitin yanındaki ile oluşturduğu hidrojen bağıdır. 3) TERSİYER YAPI: Amino asit zinciri yün yumağını andırır şekilde katlanır, bükülür ve çeşitli bağlarla bağlanır 4) KUATERNER YAPI: Katlı protein zincirleri birkaç alt parçanın biraraya gelmesiyle tek bir protein oluşturur. Proteinlerin fiziksel, kimyasal ve biyolojik özelliklerini ve bu özellikler sayesinde yerine getirecekleri görevlerini, onları oluşturan amino asitlerin bu şemada gösterilen yapıları belirler.

Primer (birincil) yapı, düz amino asit zincirlerinden meydana gelir. Protein primer yapısındayken fonksiyonel değildir. Ancak sekonder, tersiyer veya kuaterner yapılardan birine katılınca birtakım işlemlerde rol alabilir.

Sekonder (ikincil) yapı, uzun amino asit zincirinin bir sarmal şeklinde kıvrılması ile oluşur. Aktin, miyozin, fibrinojen, keratin ve b-karoten gibi proteinler sekonder yapıdadır.

Tersiyer (üçüncül) yapıdaki proteinler, amino asit zincirinin yün yumağını andırır şekilde katlanma, bükülme ve çeşitli bağlanmalarıyla meydana gelir.

Kuaterner (dördüncül) yapı ise, eşit veya farklı boylardaki iki veya daha fazla amino asit zincirinden meydana gelir. Bu farklı yapıların özelliklerini ve proteinlere sağladıkları işlevleri detaylandırmak bu moleküllerin ne kadar üstün bir yaratılışla yaratıldığını görmemize yardımcı olacaktır.

Unutmamak gerekir ki, proteinlerin yapıları hakkında bütün biyoloji veya biyokimya kitaplarında benzer bilgileri bulabilirsiniz. Ancak bu konuların bu kitapta anlatılmalarının nedeni, proteinleri meydana getiren yapıların, etkilerin, sistemlerin ne kadar kompleks ve içiçe geçmiş olduğunu göstermektir. Bazı evrimciler proteinlerin tesadüfen oluştuklarını iddia ederlerken, proteinlerin oluşumunu son derece basit ve tesadüfen oluşması imkan dahilindeymiş gibi anlatma yolunu seçerler. Çünkü ancak proteinlerdeki son derece kompleks yapıyı gizledikleri takdirde insanları tesadüf masalına inandırabileceklerini düşünürler. Bu nedenle proteinlerin yapısını anlatırken, amino asitlerin tesbih taneleri gibi, basit bir şekilde birbirlerine bağlanmaları ile proteinlerin oluşabileceği gibi bir üslup kullanırlar. Oysa buraya gelene kadar anlatılanlardan da anlaşılacağı gibi, proteinlerin oluşması için amino asitlerin rastgele birbirlerine eklenmeleri yeterli olmamakta, birçok koşulun aynı anda bir arada bulunması gerekmektedir. Ve bunların eksikliği durumunda da işe yarar proteinler oluşturmak mümkün olmayacaktır. Dolayısıyla aşağıdaki bilgileri okurken, tesadüflerin bu kadar ince planlar, hesaplar yapamayacaklarını, amino asitleri özel şekil ve yöntemlerle birbirlerine bağlayamayacaklarını göz önünde bulundurarak düşünmek gerekir.

PROTEİNLERİN PRİMER YAPISI: AMİNO ASİT DİZİLİMİ

Proteinlerin canlılık için son derece önemli olan şekillerinin en önemli belirleyicisi proteinleri oluşturan amino asitlerin sıralamasıdır. Amino asit diziliminin anormal olması, birçok genetik hastalığın da nedenidir. Bu yüzden proteinlerin birincil yapısı yani amino asitlerin doğru dizilimi son derece önemlidir.

Amino asit dizilimi protein için "omurga" görevi görür. Her çeşit proteinin omurgası kendisi için özel olarak var edilmiştir. Tıpkı omurgalı canlılarda omurganın vücudun şeklini belirlemesi gibi, proteinlerin omurgaları da proteinlerin şekillerini belirler. Her bir amino asit ise omurgadaki bir omur gibidir. Nasıl ki vücudun faaliyetlerinin gerçekleşebilmesi için her bir omurun omurgada belirli bir yerde bulunması gerekiyorsa, aynı şekilde her bir amino asit de proteindeki bazı özelliklerin oluşması için belirli biryerde bulunmalıdır.

Proteinlerdeki omurgayı vücudumuzdaki omurga ile karşılaştırdığımızda yaptığı işlemler çok benzer olmasına rağmen arada bir fark vardır. Proteinlerin omurgaları milimetrenin milyonda biri kadar bir alanda faaliyet gösterirler. Böylesine küçük bir alanda bu kadar önemli bir mekanizmayı şekillendirebilen bir omurga, kuşkusuz çok sağlam ve mucizevi bir çatıdır.

Amino asitlerin tesbih taneleri gibi belli bir sırada  yanyana dizilmeleri ile proteinlerin primer yapıları oluşur

Burada dikkat edilmesi gereken çok önemli bir nokta daha vardır. Tıpkı vücudumuzdaki omurgada olduğu gibi protein omurgasının omurları, yani amino asitler de birbirleriyle en uygun biçimde birleşmek için özel olarak yaratılmışlardır. Omurların birbirlerine kusursuzca bağlanmaları omurganın işlevi açısından nasıl önemliyse, proteinler için de benzer bir durum söz konusudur. Tek bir amino asit bir sonraki amino asite uygun bir sıralamada birleşmezse protein tüm işlevini yitirir. Buradaki hassas ve bilinçli yaratılışı görmek için biraz düşünelim.

Milimetrenin binde biri boyutundaki hücrelerimizin içinde, yani gözle görülemeyecek kadar küçük bir mekanda son derece mucizevi olaylar gerçekleşmektedir. Hücreyi oluşturan binlerce protein ve bu proteinleri meydana getiren yüzlerce amino asit tek bir hata olmaksızın bulunmaları gereken yerlerdedir. Ve bu her insanda bulunan trilyonlarca hücre için bu şekildedir ve dünyadaki milyarlarca insanın her biri için geçerlidir. Böyle olağanüstü bir olay evrimcilerin iddia ettiği gibi tesadüflerin eseri değildir. Ayrıca unutulmamalıdır ki, amino asit dediğimiz varlıklar gözü, kulağı, düşünme yeteneği olan şuurlu canlılar değildir. Bu varlıklar, belirli sayıda atomun birarada bulunduğu küçük moleküllerdir. Yani amino asitler temelinde şuursuz atom topluluklarıdır. O halde canlılık için gerekli bir proteinin nasıl oluşacağına, hangi amino asitin nereye yerleşeceğine karar veren kimdir? Amino asitlerin içindeki atomlar bir gün toplanıp karar almış ve biz şöyle bir sıralama ile biraraya gelip "bir amino asit oluşturalım, sonra da bizim gibi başka amino asitler oluşturan atomlarla anlaşıp belirli bir sırayla dizilelim ve böylece bir protein oluşturalım" demiş olabilirler mi? Elbette böyle bir iddia son derece mantıksızdır.

Şuursuz atomların böyle bir yeteneği olamayacağı gibi, onların biraraya gelerek oluşturdukları amino asitlerin ve onların biraraya gelerek oluşturduğu proteinlerin de böyle bir karar mekanizması mevcut değildir. Tüm bu varlıkları en uygun yerlere yerleştiren, bu yolla canlı hücrelerin yapı taşı olan proteinleri meydana getiren ve bu hücrelerle yeryüzünde kusursuz ve sayısız çeşitlilikte bir yaşam oluşturan Allah'tır. Allah atomlardan dev galaksilere kadar tüm alemlerin Rabbi'dir.

PROTEİNLERİN SEKONDER YAPISI: SARMAL VE TABAKALI YAPI

Bir protein için gerekli olan amino asitler yan yana geldikten sonra başka mucizevi olaylar da gerçekleşir ve her bir amino asit bir yanındaki amino asit ile oluşturduğu peptid bağın dışında hidrojen bağları da oluşturur. Bu bağların oluşma şekli amino asitlerin dizilimleri boyunca alacağı şekli ve pozisyonu belirler. Örneğin bazı durumlarda amino asit, içinde bulunduğu zincirde hidrojen bağları yaptığında sarmal bir yapı oluşturur. Amino asitler, içinde bulundukları zincirin dışından bir amino asit ile zayıf bağlar kurduklarında ise merdiven basamaklarını andıran tabakalı yapılar meydana gelir.

Zincirleri sarmal şeklinde olan proteinler telefon kordonuna benzerler. Aynı bir telefon kordonu gibi bir eksen etrafında bir hat boyunca kıvrılırlar. Saçtaki proteinler ve bir kas proteini olan miyosin bu sarmal yapıdadır ve bunun sonucu olarak elastiktirler. Çünkü hidrojen bağları kırılabilir ve kolaylıkla tekrar oluşabilir.

Günlük hayatta hidrojen bağlarının vücut proteinleri üzerinde etkisinin öğrenilmesi sayesinde çeşitli imkanlar doğmuştur. Örneğin kıvırcık saçları düzleştirmek ya da düz saçları kıvırcıklaştırmak için saç proteinlerindeki amino asitler arasındaki hidrojen bağları bozulur ve yeni bağlar kurulur. 11

Sekonder yapısı merdiven şeklinde tabaka halinde olan proteinler ise sarmal yapıya sahip olanlar gibi esnek olmazlar. Ancak birçok canlının çok önemli ihtiyaçlarından biri olan bükülme hareketine imkan veren yapıların oluşmasını sağlarlar. Örneğin koza ipeğinin lifleri ve örümcek ağı gibi diğer proteinler paralel olarak sıralanmış ve birbirlerine hidrojen bağları ile bağlanmış zincirlerden oluşurlar. Bu proteinlerin omurgası bir örgü modeli gibi aşağı yukarı kıvrılır. Bunun nedeni peptid atomlarının protein zincirine dik olarak bağlanmasıdır. 12 Bu sayede bu modele sahip olan proteinler elastik olmak yerine düz ve bükülgendirler.

Yandaki resimde bir kas proteini olan miyosinin yapısı görülmektedir. Sekonder yapıya sahip olan miyosin, sarmal yapıdadır ve bu nedenle elastiktir. Bunun nedeni amino asitler arasında oluşan hidrojen bağlarının kırılabilir olmasıdır.

Proteinlerdeki bükülmeler canlıların vücutlarında, hep olmaları gereken yerlerde bulunurlar. Örümcek ağı proteinleri olan fibroinler bükülme özelliğine sahip olmasalardı, örümceğin ördüğü ağlar işe yaramayacaktı. Çünkü bu proteinin yapısı, örümcek ağlarına avının kaçmasını engeleyecek bir dayanıklılık katar. Bu sayede örümcek ağı kendi kalınlığındaki (çapı 1mm'nin binde biri) bir çelikten 5 kat daha sağlam hale gelir. 13

Yanda ipek fibroinlerinin üç boyutlu yapısı görülmektedir. Koza ipeğinin lifleri ve örümcek ağı gibi proteinler paralel olarak sıralanmış ve birbirlerine hidrojen bağı ile bağlanmış zincirlerden oluşurlar. Bu sayede düz ve bükülgen olurlar. Örümceklerin yaşamı ise ördükleri ağların bu özelliğine bağlıdır.

Görüldüğü gibi, proteinlerin yapıları, canlıların yaşamlarını devam ettirebilmeleri için, en ince detayına kadar, kusursuz ve benzersiz olarak tasarlanmıştır. Hiçbir kör tesadüf, evrendeki atomların tamamı emrine verilse de, bu kadar ince düşünceli, ileri görüşlü davranıp, kusursuz hesaplar ve planlar yapamaz. Hiçbir atom veya tesadüfen meydana gelen hiçbir olaylar zinciri, örümcek ağının en kullanışlı hale gelmesi için, tüm atomları organize etme yetenek, bilgi ve aklına sahip değildir. Bunun aksini iddia etmek ise ciddi bir akılsızlıktır.

PROTEİNLERİN TERSİYER YAPISI

Proteinler sekonder yapılarında aldıkları şekilden sonra bükülmeye, katlanmaya ve ani dönüşlerle yeni şekiller oluşturmaya başlarlar. Bu şekilde proteinlerin tersiyer yapısı oluşur.

Proteinler sekonder yapılarında aldıkları şekilden sonra birbirlerine yaklaşan veya uzaklaşan amino asitlerin etkisiyle bükülmeye, katlanmaya ve bazen de ani dönüşler yaparak yepyeni şekiller almaya başlarlar. Ve bu şekilde, proteinin işlevi için son derece önemli olan üç boyutlu şekli meydana getirirler. Bu bükülme ve katlanmanın nedeni amino asitlerin yan zincirlerinin arasındaki etkileşimlerdir. Peki bu etkileşimler sonucu bütün canlı sistemlerin çalışabilmesi için bu kadar önemli olan bükülme işlemi nasıl gerçekleşir?

Proteinlerdeki amino asitlerin yan zincirleri bazı etkiler sonucu birbirlerini çekerler veya iterler. Bu çekme ve itme hareketinin oluşumunda beş önemli etken rol oynar. Bu beş etki, hidrojen bağları, disülfit bağlar, iyonik bağlar, Vander Walls Kuvvetleri ve yan zincirlerin diğer etkileşimleri kutupsal ve kutupsal olmayan etkiler olarak özetlenebilir.

Bu özel bağlar sayesinde, amino asitlerin bazı bölümleri birbirlerine yaklaşır, amino asit zinciri kendi üzerine katlanır, proteinlerin belirli zamanlama ve açılarla bükülmeleri sağlanır, protein molekülünün üç boyutlu yapısı kararlı kalır ve hücre dışındaki ortamda çözülmesi engellenir.

Yapılan deneyler bu bağların çok kritik öneme sahip olduklarını göstermiştir. Çünkü bu bağların her biri protein molekülü boyunca farklı bölgelerde ön plana çıkarak proteinin tam istenilen şekle bürünmesini sağlarlar. Örneğin bir proteinin sadece belirli bölgelerinde oluşan disülfit bağları o bölgelerde özel bir bükülme sağlayacaktır; hem de tam o bölgede ihtiyaç duyulduğu kadar... Aynı şekilde diğer kuvvetler de proteinin belirli amino asit bölgelerinde belirli zamanlamalarla faaliyet göstererek zincirin bazı kısımlarının birbirinden uzaklaşmasına, bazı kısımlarının da yaklaşmasına neden olacaktır. Bir proteinin olması gereken şeklindeki bükülmeler ve kıvrılmalardan herhangi birinin olmaması, bu proteini işe yaramaz hale getirecektir.

BAĞLARIN KUVVETİ EN UYGUN ŞEKİLDE OLMALIDIR

Miyoglobin proteininin üç boyutlu yapısı, kompeksliği çok iyi vurgulayacak şekilde görülmektedir. Kuşkusuz böyle önemli fonksiyonları yerine getirebilen kusursuz bir yapının tesadüflerle oluşması kesinlikle imkansızdır.

Proteinlerin oluşması için gerekli olan bağlar, bilinen diğer güçlü bağlardan daha farklıdırlar. Diğer kuvvetli kimyasal bağlarla proteinlerin üç boyutlu kıvrımlı şekillerinin meydana gelmesi mümkün değildir. Çünkü kurulacak bağın kuvveti, moleküllerin gereğinden fazla birbirine yaklaşmasına, böylece proteinin özelliğini yitirmesine neden olur. Bu yüzden bütün özellikleri ve şiddetleri özel olarak tespit edilen bu bağlar proteinlerin kıvrılmaları için en idealleridir.

Ayrıca proteinlerin işlem hızları da, bu bağlar sayesinde sağlanmaktadır. Ünlü biyolog J. Watson bu konuda şöyle bir açıklamada bulunur:

Bir protein olan enzim kompleksleri herhangi bir ısısal dalgalanmada çok hızlı bir şekilde birleşebilir ve ayrılabilirler. Bu gerçek enzimlerin neden bu kadar kuvvetli işlediklerini açıklamaktadır. Bazen o kadar hızlıdır ki, saniyede 106 kez bu işlemleri gerçekleştirebilir. Eğer enzimler birbirlerine daha kuvvetli bağlarla bağlansalardı çok daha yavaş hareket ederlerdi. 14

PROTEİNİN ÜÇ BOYUTLU YAPISI KUSURSUZ BİR TASARIMIN ESERİDİR:

Protein zincirindeki bu bükülmelerin şekli, zamanlaması, yeri, yönü, açısının önemini gözümüzde canlandırmak için bir örnek verelim. Bu hassas şekillenmeyi ünlü bir Japon oyununa (origami) benzetebiliriz. Bu oyunda üç boyutlu bir şekli elde etmek için iki boyutlu bir kağıt belirli sıralarla katlama işlemlerinden geçirilir.

Protein zincirindeki bükülmeler bilinçli bir tasarımın eseridir. Bunu bir kağıdın özel katlama talimatlarını izleyerek bir gemi veya bir kuş maketine dönüştürülmesine benzetebiliriz. Tek bir yanlış katlanma dahi sonuçta bir kuş maketi elde edilmesini engelleyecektir. Elbette bir proteinin oluşumu için gereken katlanmalar, bundan çok daha komplekstir ve tesadüflerle oluşması kesinlikle imkansızdır.

Önceden özel olarak hazırlanmış bir katlama talimatı izleyerek bir gemi maketi ya da bir kuş maketi elde edebilirsiniz. İşte bir proteinin üç boyutlu bir şekilde bükülmesi için de amino asit zincirinin belirli zamanlamalarla ve yerlerde belirli miktarla, belirli açılarda ve yönlerde bükülmesi gereklidir. Proteinler de bu oyundaki üç boyutlu şekiller gibidir. Bu oyunun sonunda elde edilmek istenen şekillerin rastgele katlamalarla elde edilmesi imkansızdır. Çünkü bu oyunda kağıdın hangi parçasının, hangi sırayla ne kadar ve ne şekilde katlanacağı, sonuçta elde edilecek her bir şekil için önceden, bu konunun uzmanları tarafından tasarlanır. Tek bir katlamanın dahi yanlış bir sıralamada, yanlış bir yönde veya yanlış miktarda yapılması istenilen şeklin elde edilmesini engeller, ortaya bozuk ve anlamsız bir şekil çıkar. Örneğin uçak şeklini elde etmek için gerekli olan sıralamadaki katlamalardan birini eksik yaptığınızda ya da farklı bir yöne doğru katladığınızda, uçağın kanadı oluşmaz. Araba şekli oluşturmak isterken yanlış bir bükme işlemi yüzünden arabanın tekerlekleri meydana gelmez. Proteinler için ise durum çok daha detaylıdır. Bir protein molekülündeki tek bir amino asitin dahi yanlış bir sıralamayla veya yanlış bir yönde birleşmesi, proteinin yanlış bir şekil almasına ve dolayısıyla işlevini yitirmesine neden olur. Örneğin kaslarda oksijen taşınmasından sorumlu olan miyoglobin proteininin küresel yapısı bozulduğunda boyu eninden 20 kat daha uzun olur ve işini yapamaz hale gelir. 15

Tek başlarına veya biraraya konduklarında bir anlam ifade etmeyen amino asitler, bu bükülmeler ve kıvrılmalar ile önemli bir anlam kazanarak, vücut içinde hayati görevlere sahip olmaktadırlar. Aynı düz bir kağıdın, bilinçli, planlı ve bir tasarıma götüren kıvırma ve katlamalarla bir gemi veya uçak şekli alarak anlam kazanması gibi... Bu noktada şunu da belirtmek gerekir ki, proteinin yapısı, planlı bir şekilde katlanarak elde edilen kağıttan bir şekilden çok daha kompleks ve organizedir. Dahası, protein molekülü, gözle dahi görülemeyecek, hatta elektron mikroskobunda dahi tespit edilemeyecek kadar küçüktür. Bu kadar küçük bir alana sığdırılan atomlar, önce bir plan ve tasarıma uygun olarak dizilmekte, sonra yine bu plan ve tasarıma uygun olarak bükülüp kıvrılmaktadır. Bunların hepsi, bilip gördüğümüz hiçbir tasarımla karşılaştırılamayacak kadar olağanüstü ve hayranlık uyandıran özelliklerdir.

Böylesine kusursuz, kompleks, birkaç aşamalı ve çok parçalı bir düzenin tesadüfen oluşması açıkça görüldüğü gibi imkansızdır. Üstelik burada anlatılanlar proteinin yapısı ile ilgili sayısız detayın en basitleştirilmiş bir özetidir. Proteinler üzerinde yapılan daha detaylı incelemeler, bu moleküllerin çok daha kompleks özelliklerini ortaya çıkarmaktadır ve henüz gün ışığına çıkarılmamış birçok konu bulunmaktadır. Bu gerçek ise, canlılığın en küçük yapıtaşlarında dahi, tesadüfen oluşum iddiasına asla yer olmadığını kesin olarak göstermektedir.

PROTEİNLERİN KUATERNER YAPISI: BİRLEŞİK PROTEİNLER

Üzerinde birçok telefonun bulunduğu bir ofis masası düşünün. Masadaki bütün telefonların kordonları birbirine girip karışır. Bu kordonları çözüp hangi kordonun hangi aletten çıktığını anlamak ilk bakışta mümkün olmaz. Proteinler de bazı durumlarda içiçe girmiş bu telefon kordonları gibi oldukça karmaşık biçimde bükülmeler yaparak birbirleriyle birle

Proteinlerin içiçe girmiş telefon kordonları gibi oldukça kompleks bükülmeler yaparak birleşmeleri proteinlerin kuaterner yapılarını meydana getirir.

Birçok protein ancak bu birleşmeyi gerçekleştirdikten sonra görevini yerine getirebilecek hale gelir. Fakat proteinlerin birbirleriyle birleşerek dev moleküller meydana getirebilmeleri için de çok hassas dengelerin sağlanması gereklidir. Eğer iki protein birleşecekse, ikisinin de şekli birbirine el ve eldiven kadar uyumlu olmalıdır. Böyle olmadığında biraraya gelip bağlanmaları mümkün olmaz. Proteinlerin birleşmeleri için gerekli olan bu uyuma büyük yap-boz oyunlarını örnek olarak verebiliriz. Tek bir parçanın dahi girinti ve çıkıntıları yerine uygun olmazsa, resmi tamamlamak mümkün olmaz. Proteinler için de benzer bir durum söz konusudur. Birleşecek proteinlerden bir tanesinin bile bağlantı şekli uygun olmazsa, dev molekül hiçbir işe yaramaz. 16

Birleşik proteinlerin vücuttaki görevlerini yerine getirebilmeleri için ayrıca, tam gerekli sayıda birleşmeleri şarttır. Örnek olarak "insülin" hormonunu düşünebiliriz. Bu protein birden fazla amino asit zincirinin birleşmesiyle vücuttaki şeker fazlasını depolama emrinin verilmesini organize eder. İnsülinin yapısındaki bir bozukluk bu molekülü işe yaramaz hale getirecek ve kişinin şeker hastası olmasına neden olacaktır. Çünkü insülin görevini yapmadığı zaman vücuda giren şekerler tam olarak kullanılmadan ve ihtiyaç için depolanamadan vücuttan atılır. Bunun sonucunda ise vücudun işleyişi sırasında gerektiğinde kanda ve depoda şeker bulunamaz. Dolayısıyla hücrelerin ihtiyacı olan enerji karşılanamamış olur. Bu durumda da ölüm kaçınılmazdır.

Proteinlerin birbirleriyle birleşerek dev moleküller meydana getirebilmeleri için proteinlerin bir yap-boz oyunundaki parçalar kadar birbirlerine uyumlu olmaları gerekmektedir.

Aynı bu şekilde vücudumuzda bulunan yaklaşık ikiyüz çeşit hücrenin hiçbirinde tek bir proteinin yapısında ve şeklinde dahi bir hata oluşmamalıdır. Böyle bir oluşum ancak çok üstün bir yaratılışla inşa edilebilir. Çünkü bu oluşumun her aşamasında en son aşamanın, yani amacın bilgisine göre plan yapılır ve hareket edilir. Bir protein olan ve böbrek üstü bezi hücreleri tarafından salgılanan adrenalin hormonu ancak olması gereken yapıya sahip olduğunda kas, kalp ve kan hücreleri tarafından tanınabilir ve bu hücredeki faaliyetleri uyarabilir. Bunun sonucunda da vücudun fiziki ve maddi baskılara karşı korunmasını sağlayabilir. Aynı şekilde vücudumuzda görev yapan bütün enzim proteinleri de ancak sahip oldukları şekil sayesinde hücre bölünmesinde, enerji üretilmesinde, molekül taşınmasında ve daha birçok görevde eksiksizce çalışabilirler.

Günümüz teknolojisinin sağladığı imkanlarla canlılığın moleküllerini araştıran biyokimyacıları hayretler içerisinde bırakan bu moleküller hakkında elde edilen her yeni bilgi, bu benzersiz yaratılışı daha da gözler önüne sermiş ve böyle bir sistem karşısında tesadüflerin mantıksızlığını ortaya koymuştur. Evrimcilerin bu kadar kompleks ve üstün tasarıma sahip yapıların tesadüfler sonucunda oluştuklarını iddia etmeleri ve tesadüflere yaratıcı bir ilaha inanır gibi inanmaları, çok önemli bir mantık bozukluğunun göstergesidir. Ancak akıl, vicdan sahibi samimi insanlar gerçekleri görebilenlerdir. Bu gerçek Kuran'da şöyle bildirilir:

Sizin ilahınız tek bir İlahtır; O'ndan başka İlah yoktur; O, Rahman'dır, Rahim'dir (bağışlayandır ve esirgeyendir). (Bakara Suresi, 163)